Filippo Lippi, devenu orphelin lorsqu'il était très jeune, alla d'abord chez une tante, et puis il fut placé au couvent des Carmes à Florence. Toutefois, raconte Vasari (1511-1574), Lippi était absorbé par sa passion pour le dessin, qui lui faisait oublier ses dévoirs de réligieux. Il resta quelque temps dans le couvent, où les moines lui permirent de séconder son talent artistique. Dans ses peintures réligieuses, différemment de Fra Angelico, il souligne toujours le côté humain, plutôt que les éléments divins.
Ses premiers travaux documentés sont les fresques de Prato, où il réalisa les Scènes des vies de saint Étienne et saint Jean-Baptiste[ pour la cathédrale. Cosme l'Ancien de Médicis (1389-1464) fut son mécène, de même que son petit-fils Laurent de Médicis (1449-1492) l'a été du fils de Lippi, Filippino (1457-1504), lui-même un artiste fort apprécié. Filippo Lippi avait transmis son talent au fils, qui, en raison de la mort du père ne put pas se former auprès lui et alors il effectua son apprentissage auprès de Botticelli (1444-1510), certainement l'élève le plus doué de talent de Filippo Lippi.
Le moine peignit de nombreuses fresques et retables d'autel à Florence et, ensuite, à Spoleto. Il était très connu pour ses Vierges, dont beaucoup se trouvent aux Offices, telles que la Vierge à l'Enfant et deux anges, le Couronnement de la Vierge (Couronnement Maringhi) et la Vierge à l'Enfant et saints (Pala del noviziato). Il y en a plusieurs qui se trouvent dans les musées européens, comme la Vierge à l'Enfant en trône et deux anges, la Vierge à l'Enfant et saints,la Vierge à l'Enfant, la Madone del Ceppo, la Vierge dans la forêt et beaucoup d'autres, toujours sous le nom de Vierge à l'Enfant. Sa dernière œuvre est une série de fresques dans la cathédrale de Spoleto illustrant les Scènes de la vie de la Vierge, où l'on admire l'Annonciation, les Funerailles, l'Adoration de l'Enfant, et le Couronnement de la Vierge.
Filippo était mort pendant qu'il travaillait à ces fresques qu'il laissa inachevées.Il fut enterré dans la cathédrale de Spoleto, dans un tombeau qui fut réalisé sur commande de Laurent le Magnifique de Médicis.