Lippi verlor seine Eltern in jungen Jahren und wurde von seiner Tante aufgezogen und trat süäter den Karmeliten von Florenz bei. Giorgio Vasari (1511 – 1574) schrieb, Lippi wurde von seinen Studien abgehalten, da er oft in seine Bücher malte. Er blieb einige Jahre bei den Mönchen, aber diese erlaubten ihm, seine Kunst zu erfahren. Die wird in seinen Zeichnungen religiöser Motive deutlich.
Seine ersten dokumentierten Werke befinden sich in Prato, wo er Fresken in san Giovanni Battista und santo Stefano, für die Katedrale fertigte. Cosimo I de' Medici (1389-1464)war einer seiner wichtigsten Gönner, wie der Neffe Lorenzo de' Medici (1449-1492) es für den Sohn von Lippi, Filippino (1457-1504) war, der ebenfalls ein sehr berühmter Künstler war. Lippi verfolgte die Ausbildung seines Sohnes bis zu seinem Tod und war auch der Lehrmeister von Sandro Botticelli (1444-1510).
Filippo Lippi realisierte zahlreichen Fresken und Altarbilder in Florenz und später auch in Spoleto, in Umbrien. Er war bekannt für die Darstellung von Madonnen, viele von befinden sich heute in den Uffizien, wie Madonna mit Kind und zwei Engeln, Krönung der Jungfrau(Krönung Maringhi) und die Madonna mit Kind und Heiligen (Pala del noviziato). Weitere Werke mit der Madonna kann man in verschiedenen europäischen Museen sehen, wie Madonna col Bambino in trono e due angeli, Madonna col Bambino e santi, la Madonna col Bambino, Madonna del Ceppo, Madonna nella foresta und weitere Werke mit dem Name Madonna col Bambino. Sein letztes Werk wurde für die Kathedrale von Spoleto gefertigt, eine Serie von Fresken mit dem Namen Geschichten der Jungfrau, die die Ankündigung, die Beerdigung, die Anbetung des Kindes und die Krönung der Jungfrau einschließen.
Zu seinem Tod ließ eine Serie unfertig zurück, die sein Sohn Filippino beendete. Lippi wurde in einem Grab der Kathedrale beerdigt, im Auftrag von Lorenzo de' Medici.