Peintre et dessinateur d'Anvers, Jan van den Hoecke continua la tradition picturale de l'école flamande, ainsi que son père et son frère. Le père, Caspar van den Hoecke (1595-1648), s'occupa de la première formation de Jan et du frère de ce dernier, Robert van den Hoecke (1622-1668). Ensuite, Jan entra dans l'atélier du maître baroque Peter Paul Rubens (1577-1640).
L'artiste et son père étaient très connus pour avoir réalisé, en 1635, les décorations de l'arc de triomphe érigé à l'honneur de l'empereur Ferdinand III, à Anvers. Le long de sa carrière, Jan exécuta souvent des sujets de caractère fastueux, comme par exemple L'Entrée triomphale du cardinal-Infant Ferdinand d'Espagne à Anvers qui est exposée à la Galerie des Offices. Après 1637, Hoecke se rendit en Autriche, où il travailla pour l'empereur Ferdinand III (1608-1657), et il y resta pendant dix ans. Il eut comme mécène le frère de l'empereur également, le duc Leopold William d'Autriche (1614-1662), pour lequel il exécuta, parmi les autres peintures, une Vierge à l'Enfant et de nombreuses œuvres allégoriques. Précédemment, il avait voyagé en Italie, en travaillant à Rome, expérience qui inspira sa production artistique d'une manière importante.
Une autre peinture de Hoecke, conservée aux Offices, Hercules entre le vice et la vertu, montre l'influence manifeste de Rubens, mais par le moyen d'un autre élève du grand maître baroque, Anthonis van Dyck (1599-1641). Un sujet réligieux, probablement peint par Jan van den Hoecke, est Le triomphe de David (Kimbell Museum) qui date de 1635, et qui avait eu une attribution erronée à Rubens. La production artistique de Hoecke comprend également quelques natures mortes avec fleurs.
L'artiste est connu aussi du prénom Johannes ou Giovanni et le nom est parfois écrit van Hoeck ou Vanhoek.