Pintor y diseñador de Amberes, Jan van den Hoecke pintó en el estilo flamenco, junto con su padre y su hermano. El padre, Caspar van den Hoecke (1595-1648), se hizo cargo de su primera formación, junto con la de su hermano Robert van den Hoecke (1622-1668). Más tarde entró en el estudio del maestro Peter Paul Rubens (1577-1640).
El artista y su padre fueron bien conocidos por haber realizado, en 1635, las decoraciones para el arco dedicado al emperador Fernando, en Amberes. En su carrera, Jan pintó representaciones monumentales, como vemos en su obra en la Galería de los Uffizi, Entrada triunfal del cardenal infante Fernando de España en Amberes. Después de 1637, Hoecke se trasladó a Austria, donde ltrabajó para el emperador Fernando III (1608-1657), y donde permaneció por unos diez años. Trabajó también para el hermano del emperador, el líder Leopol William de Austria (1614-1662), para el cual realizó, entre otras, una Virgen con el Niño, y numerosas obras obras alegóricas. Él había estado previamente en Italia y había trabajado en Roma, una experiencia que influyó en su estilo.
Otra obra de Hoecke en los Uffizi es Hércules entre el Vicio y la Virtud, que muestra la influencia de Rubens, pero a través de otro alumno del maestro barroco, Anthonis van Dyck (1599-1641). Otro de los temas religiosos, probablemente pintado por Hoecke es El triunfo de David, de 1635, durante un período erróneamente atribuido a Rubens. La obra es un boceto al óleo del estudio de Rubens en Amberes, ahora en el Kimbell Museum. Durante su carrera, Hoecke realizó también naturalezas muertas con flores.
El artista era conocido también como Johannes o Giovanni, y su apellido escrito van Hoeck o Vanhoek.