En la rivalidad con Florencia, los pintores de Siena, como Beccafumi, se dirigieron hacia la presencia mística, mientras que los florentinos se centraron en el naturalismo. Beccafumi fue considerado uno de los últimos en adoptar plenamente la escuela de Siena. Nacido Giacomo di Pace, tomó el apellido del terrateniente y dueño de su padre, Lorenzo Beccafumi. Después de un aprendizaje, se trasladó a Roma, para aprender acerca de la obra de Miguel Angel (1475-1564) y Rafael (1483-1520).
Beccafumi fue también a Florencia, donde se encontró con el uso genial del claroscuro de Leonardo (1452-1519). Beccafumi combinó las influencias de los maestros italianos en el estilo elegante y emocionante de Siena, con la abstracción manierista de la época.
Entre sus primeras obras en Siena hay aquella en colaboración con el Sodoma (1477-1549), para la fachada del Palacio Borghese, en 1512. En 1517, dirigió la decoración de la iglesia de San Bernardino, y realizó muchas obras religiosas para esta y otras iglesias de Siena. Entre ellas: Comunión milagrosa de santa Caterina da Siena, Santa Caterina da Siena recibe los estigmas, las dos en el J. Paul Getty Museum de Los Angeles, donde hay también el diseño del estudio de la figura de Abraham, de 1547.
En los Uffizi encontramos sus Sagrada Familia con San Giovannino, de 1518/20 y La fuga de Clelia. Es mejor conocido su trabajo para para la decoración de la planta de la catedral de Siena. Este proyecto increíble mantuvo comprometidos a los artistas durante más de 150 años, y Beccafumi trabajó allí desde 1517 hasta 1544. Sus grabaciones en el mármol blanco representaban historias de la Biblia, incluyendo Acab, Elías, Melquisedec, Abraham y Moisés.
El príncipe Doria le llamó a Génova, para pintar el fresco con escenas de la vida de Medea y Jasón, ahora perdido. Poco después regresó a Siena, y trabajó de nuevo a la catedral. También hizo un arco de triunfo para la entrada en la ciudad del emperador Carlos V (1500-1558), junto con un caballo mecánico para las celebraciones.
El trabajo de Beccafumi presenta figuras alargadas, como las de los manieristas, y utiliza el contrapuesto, resucitado por Miguel Ángel y Leonardo en el Renacimiento. Utilizó colores suaves, a veces de tono primario, y composiciones fluidas, que se diferenciaban de los contornos geométricos de moda en esa época. Esto se muestra con evidencia en su obra en los Uffizi, la Sagrada Familia con San Giovannino. Su arte puede provoca sentimientos más contradictorios y emocionantes en las composiciones que evocan los raptos místicos: una culminación dramática del estilo de Siena.