Pintor de Bolonia, Annibale Carracci en familia fue rodeado por artistas, con quien colaboró. Con su primo Ludovico Carracci (1555-1619) y su hermano Agostino (1557-1602), Annibale ayudó a dar forma a un estilo que influyó en la escuela de pintura boloñesa.
Como elemento profético por la familia, fue abierta una oficina en 1582, la Academia degli Incamminati (o Desiderosi), lo que significa un impulso progresivo hacia nuevas formas. La familia Carracci, y especialmente Annibale, desarrolló un estilo único, nacido de la influencia de los florentinos con Rafael y Andrea del Sarto, sino también de los pintores venecianos. Su academia era conocida como escuela de los Carracci, o a veces escuela Ecléctica.
Trabajando juntos bajo el nombre Carracci, los dos hermanos y el primo pintaron los frescos de Palacio Fava. Completados entre 1583 y 1584, representan la historia mitológica de Giasone. Annibale y Agostino trabajaron juntos también en Parma, durante una parada de Annibale, que se dirigía a Venecia. En el camino de regreso a Bolonia, los Carracci se reunieron para pintar los frescos de Palacio Magnani, en 1585, y luego entre 1593 y 1594, para los frescos de Palacio Sampieri.
Annibale a menudo ha sido considerado como el más hábil entre los Carracci, por su estilo que lo coloca al lado de los grandes maestros. Los dibujos detallados, la delicadeza del color, el estilo elegante, a menudo lo han puesto en comparación con Rafael. Junto con Lucio Massari (1569-1633), pintor boloñés, realizó el retablo Virgen con el Niño en trono y los santos Francesco, Matteo y Giovanni Battista. Antes de 1593 él pintó la Resurrección de Cristo y la Asunción para la capilla Bonasoni. Estas obras empezaron a mostrar su estilo personal, pero su fama se consolidó con el fresco dramático para el Palacio Farnese en Roma. El ciclo de frescos, Los amores de los Dioses (1597-1608) a menudo se considera el fresco más hermoso de su tiempo y se conoce como la obra maestra de Annibale.
El estudio entero de Annibale trabajó en los frescos, incluido su hermano Agostino. No sabemos por qué, pero Agostino pronto dejó el proyecto; según algunos rumores por celos o por su relación polémica. Annibale también pintó paisajes notables, como La fuga a Egipto de 1603, donde la presencia humana se convierte accesorio del paisaje. Esto estilo se transmitió al protegido de Annibale, Domenico Zampieri (1581-1641), de la escuela boloñesa, y más tarde a los pintores barrocos, como Claude Lorrain (1600-1682), francés. La herencia de Annibale Carracci lleva consigo la influencia de los maestros italianos, sino también un toque personal. Él trabajó en muchas obras durante su vida, incluidas las que se encuentran en los Uffizi, Venus, sátiro y dos Cupidos (1592) y Hombre con el mono. Llegó a sus primeras metas en los frescos, pero sus pinturas ahora están en exhibición en todas partes, en las galerías y museos de Roma, Florencia, Bolonia, París, San Petersburgo, Madrid, Dresde y Viena.