Filippino war der Sohn des Malers Fra Filippo Lippi (1406-1469).Er erhielt seine Ausbildung vom Vater bis zu dessen Tod. Neben seinem Sohn bildete auch Sandro Botticelli (1444-1510) aus. Lippi studierte auch im Atelier von Botticelli bis 1473 und konnte bis 1480 keinen eigenen Stil finden.
Filippino Lippi arbeitete zusammen mit seinem Meister und anderen Zeitgenossen, wie Pietro Perugino (1446-1524) und Domenico Ghirlandaio (1449-1494). Zusammen realisierten Botticelli, Perugino, Ghirlandaio und Lippi Fresken für die Villa Spedaletto dvon Lorenzo de' Medici (1449-1492). Lippi gehörten zu den Künstlern, die unter dem Patronat der Medici Familie standen, unter anderem Verrocchio (1435-1488), Leonardo da Vinci (1452-1519) und Michelangelo (1475-1564).
Lippi wurde in Auftrag gegeben einige Fresken der Kappelle Brancacci in der Kirche Santa Maria del Carmine in Firenze zu beenden, die Masaccio (1401-1428) im Moment seines Todes unbeendet hinterlassen hatte. Lippi vervollständigte La resurrezione del figlio di Teofilo e san Pietro in cattedra und fertigte auf eigene Faust San Pietro in carcere visitato da san Paolo, Liberazione di san Pietro dal carcere, Disputa di Simon Mago e crocifissione di san Pietro. Lippi beendete auch Fresken von Perugino im Palazzo della Signoria, stets in Florenz, aber diese sind leider verloren gegangen. Später in Rom wurde er auf Empfehlung von Lorenzo de' Medici beauftragt, die Fresken für die Kapelle des Kardinals Oliviero Carafa (1430-1511) in Santa Maria sopra Minerva zu realisieren.
Die bemerkenswertesten Arbeiten von Lippi waren seine Altarbilder, untern ihnen L'apparizione della Vergine a san Bernardo, ein sehr detailliertes Werk, das flämische Einflüsse aufweist. Er malte auch die Storie di santo Stefano e san Giovanni Evangelista für Santa Maria Novella in Florenz. Lippi setzte seinen raffinierten Stil in den Diensten für die Medici ein mit Das Opfer von Lacoom, für die Villa Poggio a Caiano. Außerdem realisierte er die Christus erscheint der Madonna, die Anbetung der Hl. Drei Könige für die Kirche San Donato in Scopeto (heute in den Uffizien) und Johannes der Täufer und Maria Magdalena für die Kirche San Procolo in Florenz.
In seinen letzten Jahren in Padua, in der Lombardei, und in Prato, in der Toskana, realisierte er das Tabernakel der Hl. Margherita über das Lied des Händkers und die Mystische Hochzeit von Katharina von Alexandrien. Sein letztes Werk, die Kreuzabnahme für das Polyptichon der Annunziata, wurde unfertig hinterlassen. Man sagt, Lippi sei sehr beliebt in Florenz gewesen und viele Werkstätten blieben bei seiner Beerdigung geschlossen.